发酵食品常用的菌种有以下几种：
1. 酵母菌：常用于发酵面包、啤酒、葡萄酒等。
2. 乳酸菌：常用于发酵酸奶、酸菜、泡菜、酸奶酪等。
3. 醋酸菌：常用于发酵醋、酸枣、酸梅等。
4. 黄曲霉菌：常用于发酵豆腐、酱油、甜面酱等。
5. 嗜热菌：常用于发酵味噌等。
6. 曲霉菌：常用于制作腐乳、豆豉等。
7. 赤霉菌：常用于制作豆腐乳、腐乳等。
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